Recentemente eu tive esse problema. Precisava mandar para um amigo meu um video mkv com apenas uma legenda de diferença e precisava fazer isso de forma que o md5 do arquivo resultante dele fosse igual ao meu, portanto simplesmente usar o mkvtoolnix estava fora de cogitação.

Pra isso rodei a internet atrás de um programa que fizesse arquivos contendo diferenças entre outros 2 arquivos. De início, só encontrava coisas referentes ao diff que fazia esse trabalho muito bem apenas para texto. Meio inutil já que estavamos atrás de um que funcionasse com qualquer tipo de arquivo. Procurei até chegar num programa chamado xdelta.

Esse programa funciona para qualquer tipo de arquivo e o uso é simples. Num terminal, para criar um arquivo de diferença:

xdelta delta [arquivo-de-origem] [arquivo-de-destino] [arquivo-de-diferença]

Para aplicar a diferença no arquivo de origem use o comando:

xdelta patch [arquivo-de-diferença] [arquivo-de-origem] [arquivo-de-saida]

Agora não preciso mais transferir mais que 15k para que meu amigo tenha o mesmo video de 700mb que eu. Legal né?

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